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Ubuntu WSL 环境下 LAMMPS 及 KOKKOS CUDA 软件包编译安装规程 🚀
本规程旨在详细说明在 Windows Subsystem for Linux (WSL) 的 Ubuntu 环境中，从源码编译并安装大规模原子/分子并行模拟器 (LAMMPS) 的步骤。重点介绍启用 KOKKOS 软件包以支持基于 NVIDIA CUDA 技术的图形处理器 (GPU) 加速功能，同时
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GROMACS 中 `pull` 命令与 `comm-grps` 参数的协同问题探讨
1. 背景：非平衡模拟中的挑战 在分子动力学模拟中，尤其是非平衡分子动力学（NEMD）模拟，我们常常需要对系统的特定部分施加外力或约束，以研究其在受迫条件下的行为。GROMACS 的 pull 代码就是一个强大的工具，常用于模拟牵引、压缩、剪切或像本案例中模拟活塞（移动壁）驱替流体的过程。 本案例涉
使用PoreMS进行创建多种类孔隙的研究过程笔记
PoreMS 基本介绍 PoreMS 是一个专为催化化学领域设计的开源库，用于构建具有各种形状的石英孔隙结构的分子模型。它的强大之处在于能够对表面进行多种类型的修饰，在石油工程中，通过不同的修饰，可以实现对不同亲和力的分析。此外，PoreMS 还能创建复杂的分子隧道构型。 GitHub 链接： Gi
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如何在同一 IP 下区分连接 Windows 主机和 WSL2 的 SSH 服务
当 WSL2 与主机共用同一 IP 时，连接到同一 IP 的 SSH 服务时，无法直接区分访问的是 Windows 主机还是 WSL2 环境。为了解决这一问题，可以采用以下几种方案： 方法一：使用不同端口区分 为 Windows 主机上的 SSH 服务使用另一个端口 修改 Windows 上 SSH
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Jupyter 中的科学绘图总结
Jupyter 中的科学绘图总结 Jupyter Notebook 是进行科学计算和数据可视化的强大工具。本文总结了 Jupyter 中常用的科学绘图方法，以及如何使用第三方库来改进图表的外观。 1. 基础绘图库 Jupyter 中最常用的科学绘图库是 Matplotlib 和 Seaborn。 M
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sobtop和Multiwfn联合使用教程
使用 Multiwfn 和 Sobtop 生成 GROMACS 文件的教程 本教程介绍如何使用 Multiwfn 结合 ORCA 软件进行 RESP2 分子电荷分配，并使用 Sobtop 生成 GROMACS 所需的一整套文件。我们将介绍如何自动化批量计算处理，以及如何选择溶剂等内容。 1. 使用
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Open Babel 使用教程
Open Babel 简介与教程 Open Babel 是一个开源的化学工具箱，广泛用于化学信息学中进行文件格式转换和分子操作。它支持多种化学文件格式，可以帮助研究人员在不同软件之间自由转换数据格式。本文将为您提供如何安装和使用 Open Babel 的基本教程。 1. 安装 Open Babel
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GROMACS学习总结
GROMACS 学习总结 GROMACS 简单运行过程及常用命令 1. 系统预处理 gmx grompp -f prod.mdp -c eq.gro -p mix.top -o prod.tpr -maxwarn 2
grompp 是预处理命令，用于将分子动力学参数文件（.mdp）、初始结构文件（
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LAMMPS与GROMACS特点及优劣势对比
LAMMPS与GROMACS特点及优劣势对比 LAMMPS和GROMACS都是重要的分子动力学模拟的软件，其中GROMACS软件是现在市场上使用最广泛的分子动力学模拟软件，无论是社区还是功能都要强很多。但是LAMMPS作为材料领域最强的软件，有很多GROMACS无法实现的事情，两者结合基本可以实现分