COMPASS 力场在lammps中的使用方法

COMPASS力场介绍

COMPASS力场是MS的内部力场，参数并没有开源。是根据PCFF力场基础上开发的，是II型力场，有多体势。普适性比较强。但因为没有开源，所以很多的具体数值没有，所以不建议使用在Lammps上。

Lammps的形式如下：

  • bond_style class2
  • angle_style class2
  • dihedral_style class2
  • improper_style class2
  • pair_style lj/class2
  • pair_style lj/class2/coul/cut
  • pair_style lj/class2/coul/long
  • special_bonds lj/coul 0 0 1

COMPASS力场的具体使用方法

COMPASS力场需要从MS中进行转化。首先，先从MS中画出结构，使用Forcite模块赋予力场和电荷。目的是给各个的原子都匹配力场的原子符号和电荷，然后将其导出，导出为.car形式，这时，会同时生成两个文件，将这两个文件与同名的.pdb放在一个文件夹中，使用lammps中的tool文件夹中的msi2lmp.exe，输入以下的命令：

sudo ./msi2lmp.exe ** -i -class 2 -frc compass\_published > data.test

其中，**是生成的文件的名称，没有后缀。class 2是这个力场的种类，具体可以参照msi2lmp文件夹中的help文档。查看data.test是过程中的记录文件，名字什么不重要。

通过这个方法，可以直接生成data文件，最好是将分子单个生成，然后使用ltemplify.py软件将data文件转化为lt文件，使用moltemplate﹢packmol的方式转化为需要的体系。

ltemplify.py -name ** lammps.in **.data > **.lt

注意，从data格式转化为lt文件后，力场文件的信息可能有所不同，这是data文件力场的格式和in文件的力场的格式有所不同的原因。